Construida por el virrey de la Nueva España, Don Martín Enríquez, quien decreta y patrocina la construcción del templo de la señora de Los Remedios, la cual inició en 1574 y terminó en 1575.

El templo ha sido modificado significativamente, en su interior se conserva el Camarín de la Virgen estilo barroco, un atrio amurallado construido en 1972 y una capilla abierta en forma de anfiteatro con gradería que preside una escultura monumental de San Miguel Arcángel, obra de Federico Mosqueda, hecho en 1950, quien también realizó el Monumento a la Corona de Cristo Rey y el águila imperial que se encuentra a sus pies la realizó junto con Isaías Cervantes Rodríguez, quien hizo el Sagrado Corazón igualmente de esta basílica.

El 29 de mayo de 1765 se construyó por el irlandés Ricardo Aylmer, el monumental acueducto de los Remedios, terminado el 17 de diciembre para dotar agua al Santuario, pero esta obra, como la de los Caracoles, nunca funcionó. El templo de Los Remedios es de estilo plateresco y neo clásico en su interior, cuenta con un atrio de 3,145 metros y un área al costado poniente de cerca de 2,400 metros.

En el claustro del templo se encontraba una importante colección de exvotos (fotografías, antigüedades religiosas, ropa, joyería, escritos, etc.) tipo museo, (a un costado del pozo) hoy en día se encuentran urnas para difuntos. En 1938 el Presidente de México, Gral. Lázaro Cárdenas, declaró la zona del Santuario y del Acueducto: “Parque Nacional”.

En 1950, por órdenes de Mons. Eleuterio se construye la fuente monumental y el anfiteatro a San Miguel Arcángel, y para esto se realizó una figura pequeña, como si fuera una maqueta que aún se conserva a un lado del templo en un pequeño jardín. Al Arcángel se le considera el protector del Santuario.
En 1962 se construye el triple arco de entrada al Santuario por el norte.
De 1975 a 1981 el Gobierno del Estado de México, precedido por el Dr. Jiménez Cantú y el Ayuntamiento de Naucalpan, nombran el pueblo de Los Remedios, a colonia popular; así se construyeron plazas y andadores, portales para el comercio, fuentes y el kiosco adoquinados; se remodelaron fachadas y se instalaron servicios de alumbrado, agua y drenaje.
En 1979 se reconstruyen los antiguos albergues, bodegas, piso del atrio, se adapta la capilla para el Santísimo, en donde se encuentra también una réplica de la Virgen de Los Remedios. Se aprovecha también para ponerle mármol al templo y se pavimenta uno de los estacionamientos.
Durante el gobierno de Enrique Jacob Rocha, el Santuario recibió nueva dotación de agua, la cual alimentaría la gran cisterna que recién estaba construida, esta sería para los nuevos seminaristas y la futura Casa del Peregrino.
En 1998 (25 de agosto) el Santuario de la Virgen de Los Remedios es elevado a Basílica Menor por decreto de la “Congregación para el Culto Divino y la Disciplina de los Sacramentos” (el templo ya tiene un rango mayor al de cualquier otro y retoma su fuerza e interés).

Virgen de los Remedios

Esta imagen es la más antigua del continente americano, hecha en el siglo XVI por un desconocido artesano español, es de madera estofada y mide 27 cm. de alto. Se le sobreponen vestidos, coronas y una luna bajo sus pies, la imagen fue traída de España por el soldado Juan Rodríguez de Villafuerte, quien acompañó a Hernán Cortés en su viaje de conquista.
Después de muchos sacrificios, Cortés y su pequeño ejército arribaron a la gran Tenochtitlán, ahí fueron cordialmente recibidos por Moctezuma.
Los indios aztecas se rebelaron contra los españoles y fueron forzados a salir hacia el oeste de la ciudad, por el camino de Tacuba (leyendas dicen que fue por Naucalpan).

Durante esa retirada, abandonaron todo lo necesario para facilitar la salida y por ese motivo la pequeña imagen fue escondida bajo un maguey y fue encontrada en 1540 por el indio Juan Ce Cuautli, quien la llevó a su casa en San Juan Totoltepec en lo alto de un Cué (un adoratorio indígena), la noticia llegó a los españoles, quienes habían venerado esta imagen desde el principio de la conquista, así como los nativos, quienes encontraron en ella consuelo en medio de sus dificultades, así que construyeron primero una ermita en este cerrito llamado Otomcapulco- Otoncalpolco (hoy Bosque de Los Remedios).

Según dice la historia, la Virgen de Los Remedios estuvo presente en la primera ceremonia religiosa católica realizada en México, que fue en Veracruz, no se sabe el lugar exacto, esta ceremonia fue realizada por Fray Bartolomé de Olmedo; en el mismo año, 1519, se venera a la Virgen en el Templo Mayor de la Gran Tenochtitlan, en donde el Capitán Juan Rodríguez de Villafuerte la colocó por mandato de Cortés. (Se dice es leyenda).

Algunos años más tarde, la devoción a Nuestra Señora de los Remedios se fue extendiendo por todas partes y las autoridades civiles construyeron en 1574 el santuario donde hoy es venerada la imagen.

El 1.º de septiembre, fiesta principal de Nuestra Señora de los Remedios, aproximadamente 10,000 personas la visitan, mientras que unas 6,000 personas visitan el Santuario cada domingo para rendir homenaje a la Santísima Virgen.
De la importancia de la virgen de los Remedios habla el hecho de que fue nombrada inmediatamente después de la Virgen de Guadalupe por el papa Juan Pablo II en su visita a México en 1999 en el Estadio Azteca. Su rostro fue restaurado posteriormente y la peana con la referencia apocalíptica de la luna es de 1810, también se le conoce como» La Rival de la Virgen de Guadalupe», ya que los acontecimientos de La Guadalupana habían sucedido once años más tarde, en el cerro del Tepeyac, del 9 al 12 de diciembre de 1531, la Virgen de Guadalupe hace sus apariciones al indio Juan Diego, siendo así que, Los Remedios y la Virgen del lugar es más antigua que la del Tepeyac, podríamos asegurar que la primera en México.
Pero las circunstancias ponderaron a la Guadalupana como la patrona de México.